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一、对传统教育的批判
他极力批判自汉以来二千年的重文轻实的教育传统，包括玄学、佛学、道学以及宋明理学。他提倡实学，亦有其历史依据。他认为尧舜周孔就是实学教育的代表者，如孔子之实学注重考习实际活动，其弟子或习礼，或鼓瑟、或学舞、或问仁孝、或谈商兵政事，于己于世皆有益，而宋儒理学教育却相反，主静主敬，手持书本闭目呆坐有如泥塑，在讲堂上侧重于讲解和静坐、读书或顿悟，其害有三：一是“坏人才”。即理学教育所培养的人才柔弱如妇人女子，无经天纬地之才，他指出，如果学生的学习与实际生活相脱离，即使读书万卷，也是毫无用处的。这种教育不仅害己，而且害国。二是“灭圣学”。他认为理学家只从章句训诂、注解讲读上用功，从而陷入了一种文墨世界，国家取士、教师授课、父兄提示、朋友切磋，皆以文字为准，这就丢弃了尧舜周孔的实学精神。尤其是倡行八股取士后，为害更大。三是“厄世运”。汉儒宋儒之学败坏了学术与社会风气。学术完全成了一种文字游戏，统治者更是利用科举八股把士人囿于文字之中，造成了极大的危害，社会道德、经济、人才的腐败与衰竭，皆与此有关。结论：以实学代理学。
二、实学的教育内容
他认为尧舜周孔都提倡实学、行实教，既有利于个人又有利于国家，所以他认为必须恢复其道，主张以他们所倡导的三事、六府（认为此乃尧舜之道）、三物（六德、六行、六艺，此乃周孔之道）为教育内容，另外还把劳动教育与体育列为教育内容。在本质上既不同于禅理语录，也不同于诗文制艺等教育内容，冲破了千百年来传统经学和理学的局限，他希望通过以三事、三物等丰富而实用的教育内容来培养能经世致用的人才，改变理学所造成的种种弊病，实现其富国强兵的政治理想。
他不仅提出了如此丰富的教育内容，而且还付诸实践。他在晚年开办的漳南书院中，曾分斋而教。这一计划既体现了其丰富而实用的教育内容，也体现了他对教育制度与分科教学的思想。但他以孔、孟之道的继承者自居，故在教育上特重礼教，天天率弟子家人习礼，大大冲淡了其实学教育内容的进步性。
三、“主动”、“习行”的教育方法
与宋儒主静的原则不同，他强调“动”，认为世界万物都是变动发展的，他考察了当时社会后，认为明朝的灭亡，士人的衰弱都深受这种主静和书本教育之害，故极力反对主静的教育方法，而代之以动的教育方法。吾尝言一身动则一身强，一家动则一家强，一国动则一国强，天下动则天下强。”梁启超在《清代学术概要》中曾评价：“颜元以实学代虚学，以动学代静学，以活学代死学”。其评价非常恰当。
教人为学既然主动，就必须重习行，习即练习，行即实行，主张以行动为中心原则。他提倡的习行主动的教育方法是与书本教育相对立的，他主张通过习行的方法获得经验与知识，反对理学教育把读书作为唯一的求知途径，而认为“读书乃致知中之一事，专为之则浮学”。如何体现？他认为在于“格物致知”，有创新的理解。他的思想对后代影响很大，特别是五四以后，为了提高民族士气，改变体质，曾有不少仁人志士极力宣扬其习行主动的思想，产生了良好的作用，但完全否定理学主静、读书的方法，也是偏激的做法。
